Может ли второй участник аукциона по фз-44 отказаться от заключения контракта?

Второй участник в течение 5 дней вправе:
подписать предложенный проект госконтракта, внеся обеспечение выполнения госконтракта
направить заказчику протокол разногласий
отказаться от подписания госконтракта (ч. 15 ст. 83.2 Закона № 44-ФЗ)

Второй участник может отказаться от заключения контракта. Это его законное право. Кроме того, нужно обратить внимание ещё на три пункта.

Если первого контрагента не включили в реестр недобросовестных поставщиков (РНП) при одностороннем расторжении договора со стороны заказчика, заключить новый контракт не получится. Заказчику нужно направить сведения в ФАС, контролёры решат, включать поставщика в РНП или нет. Если исполнитель в РНП не внесут, заказчику следует провести закупку заново.
Контракт заключался со вторым поставщиком изначально, поскольку победитель закупки от контракта уклонился. В этом случае, если заказчик расторгает контракт в одностороннем порядке, заключить новый со следующим поставщиком уже не получится. Потребуется проводить новую закупку.
Контракт расторгнут на основании пункта 1 части 15 статьи 95 Закона № 44-ФЗ. Заказчик обнаружил, что контрагент предоставил недостоверную информацию, либо поставляемый товар или сам поставщик не соответствуют требованиям извещения и документации. При таких нарушениях контрагента не включают в РНП. Заключить контракт со вторым поставщиком не получится (ч. 2 ст. 104 Закона № 44-ФЗ, решение ФАС от 06.03.2017 по делу № Р-33/17).