Обратившись в паспортный стол Крыма мне пришел отказ, явилась лично туда для выяснения обстоятельств, мне

Здравствуйте!

Попробуем разобраться.
«я поставила в свой паспорт прописку Крыма по справке форме 9 выданной УФМС Крыма» — скорее всего Вы встали на учёт по листку прибытия, а форму 9 брали для каких- то иных целей, просто она у Вас сохранилась. Так как форма 9 не является основанием постановки на учёт, а была справкой, аналогичной справке о составе семьи- документом, отражающим поименный состав зарегистрированных граждан на момент обращения в указанном жилом помещении. 
А сведения вообще о всех когда-либо зарегистрированных и снятых с учёта граждан содержались в поквартирных карточках (для квартир) и домовых книгах ( для частных домовладений). 
Поквартирные карточки хранились у паспортистов в ЖЭУ, или у председателей ТСЖ, а домовые книги — у собственников домовладений 
С 2017 отменили домовые книги, поквартирные карточки и справки о составе семьи, заменив их на адресные справки. Сами адресные справки формируются на основании отцифрованных сведений, загруженных в информационную базу МВД. 
Соответственно, мы — простые граждане РФ- физические лица, не ведём учёты МВД и не допущены к сведениям информационных баз МВД. Что они там себе загрузили или нет, какие сведения отразили, а какие не отразили, знать не можем. 
В соответствии с Приказом МВД  984 от 31.12.2017 г. основанием отказа в государственной услуги по снятию с учёта по месту жительства является : 

«58.1. Нарушение установленных требований к форме и содержанию заявления о регистрации, в том числе, если текст заявления о регистрации не поддается прочтению.

58.2. Отсутствие документов, обязательное представление которых предусмотрено Административным регламентом. 

59. Установленное в соответствии с законодательством Российской Федерации ограничение на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в РФ».

В соотвествии с п. 54.1. того же Приказа МВД установлен исчерпывающий перечень необходимых документов, необходимых для снятия с учёта  граждан: «Заявление о снятии с регистрационного учета по месту жительства произвольной формы с указанием адреса выбытия. Письменное заявление о снятии с регистрационного учета гражданин вправе представить в орган регистрационного учета по месту фактического проживания.54.2. Паспорт гражданина (свидетельство о рождении несовершеннолетних граждан, не достигших 14-летнего возраста)».

Таким образом, единственным законным и достаточным доказательством того, что Вы стоите на регистрационном учёте по месту жительства по адресу, является штамп в Вашем гражданском паспорте. Конечно, Вы могли бы поискать свою поквартирную лицевую карточку, и то, в качестве дополнительного доказательства по Вашему желанию, не факт, что она сохранилась в архивах. 
Утверждение ФМС о том, что у них в учетах нет сведений о постановке Вас на учёт в адресе, не является основанием для отказа в предоставлении Вам гос услуги: снятие с учёта по месту жительства. 
Если у ФМС  возникли сомнения в легальности штампа в Вашем паспорте и они в нём усмотрели признаки подделки, то по данному факту должно быть возбуждено, как минимум, расследование с тем, чтобы привлечь виновных к ответственности. Раз об этом речь не идёт, то скорее всего они (ФМС) сами утратили или не внести в учёт сведения о Вашей постановке и теперь пытаются свалить вину на Вас, что бы у Вас, а не у них болела голова ( простите за фразеологизм). 
В данной ситуации Вам необходимо обжаловать отказ от предоставления гос услуги по  снятию с регистрационного учёта на имя начальника ГУ УВМ МВД России по Республике Крым или подать административный иск в суд. 
С ув., Алёна 

Если мой ответ был Вам полезен, пожалуйста оцените его