В доли внучки живёт жена моего сына, он не прописана и не зарегистрирована, может ли она находиться в квартире без моего согласия и до каких часов?

Хотя из вашего вопроса не понятно определены ли доли, но отвечу в общих правовых значениях.

И так, согласно ч. 1 и 2 ст 244 ГК РФ 

1. Имущество, находящееся в собственности двух или нескольких лиц, принадлежит им на праве общей собственности.

2. Имущество может находиться в общей собственности с определением доли каждого из собственников в праве собственности (долевая собственность) или без определения таких долей (совместная собственность).

245 ст. ГК РФ закрепила, что 

1. Если доли участников долевой собственности не могут быть определены на основании закона и не установлены соглашением всех ее участников, доли считаются равными.

 
2. Соглашением всех участников долевой собственности может быть установлен порядок определения и изменения их долей в зависимости от вклада каждого из них в образование и приращение общего имущества.

Но в лбом случае стоит учесть, что  Распоряжение имуществом, находящимся в долевой собственности, осуществляется по соглашению всех ее участников ( ч. 1 ст 246 ГК РФ)

ЖК регламентирует, что на ровне с собственником жилого помещения имеют право проживания и члены семьи, что означает ограничение такого права для граждан, являющимся членом семьи, а так же не имеющим иного законного основания (иждивение опека и т.д.)

Ввиду казанного, вы при несогласии имеете право запретить находится в общей собственности (в рамках вышеуказанных основаниях), а так же обратиться в суд за прекращением права пользования и выселение, если указанное право каким либо иным способом имеется в наличии.