Здравствуйте, может ли генподрядчик мне оплатить за услуги по УСН, если у него везде сидит НДС, и как оформить договор, если у заказчика контролируют расходы с учётом НДС так как компания НДС ная?

Как следует из запроса, скорее всего Вы — ИП на УСН. Если ИП на УСН оказывает услуги сторонним юрлицам (заказчиками), то получаемое ИП на УСН вознаграждение по договору не облагается НДС. В договоре с заказчиком указанная стоимость ваших услуг не будет облагаться НДС. При этом не имеет значение является ли плательщиком НДС заказчик (компания может быть с НДС или без). Отсутствие в договоре НДС лишь не дает право вашему заказчику предъявить НДС к возмещению или поставить его к зачету. Для Вас это роли не играет.