Здравствуйте Установить факт отцовства можно по месту временной регистрации матери?

Можно, если одновременно просить взыскать алименты. 

Согласно действующего законодательства по общему правилу  исковые заявления подаются по месту жительства ответчика. Заявления об установлении юридических фактов по месту жительства заявителя. Согласно ст.29 ГПК РФ «Подсудность по выбору истца» иски об установлении отцовства могут быть предъявлены истцом также в суд по месту его жительства.