Здравствуйте!
Конечно может брать гражданскую ипотеку, на выплаты по военной ипотеке это никак не появляется, если Вы участник накопительно — ипотечной системы обеспечения военнослужащих.
Однако, если Вы участник НИС, то к Вас не относятся правоотношения, возникающие из обеспечения жилищной субсидией, как военнослужащего.
То есть Вы либо участник НИС либо обеспечиваетесь жилищной субсидией.
При этом если Вы признаетесь нуждающимся в жилом помещении для постоянного проживания, тогда да — приобретение квартиры с помощью гражданской ипотеки повлияет на оформление субсидии.