Меньшая доля была оформлена на фиктивного учредителя, который сейчас заявляет права на эту долю

Добрый день, Дмитрий.

Чтобы признать учредителя фиктивным, необходимо наличие решения суда. 

Если у Вас есть достаточные доказательства того, что передача доли учредителю носила фиктивный характер, без намерения сделать его учредителем, то можете обратиться в арбитражный суд с исковым заявлением о признании недействительной мнимой сделки о передаче (наделении) доли в ООО этому человеку:

ГК РФ Статья 170 

 1. Мнимая сделка, то есть сделка, совершенная лишь для вида, без намерения создать соответствующие ей правовые последствия, ничтожна.

При этом нужно иметь в виду, что срок исковой давности по требованиям о применении последствий недействительности ничтожной сделки и о признании такой сделки недействительной составляет три года (ст.181 ГК РФ). Поэтому подать иск в суд Вы можете, если с того момента, как человек стал учредителем, не прошло три года, иначе он может заявить о пропуске срока давности и в иске будет отказано.

Если же доказательств того, что учредитель является фиктивным, нет, то тогда смысла в суд обращаться нет, придётся с ним договариваться или делить имущество путём ликвидации общества или реорганизации.

С уважением, Роман.