Дается ли отсрочка на период поступления?

Если да, то нужно ли какое-то заявление в приложение к справке? Отправлять письмо просто на адрес военкомата или на имя военного комиссара?

 Никаких заявлений или иных документов к ней прикладывать не нужно, отправляется она на адрес военкомата, где он стоит на учете. Имя военкома указывать не нужно. 

После получения диплома бакалавра сын планирует поступать в магистратуру. Дается ли отсрочка на период поступления?

 Нет, отсрочка ему не предоставляется.

Но он вполне может воспользоваться последипломными каникулами, после окончания обучения в бакалавриате для продления срока действия отсрочки.

В указанных целях он обращается с заявлением в учебную часть о предоставлении ему каникул, а также справки для предоставления в военкомат на основании которой будет указан последний день его обучения 31 августа.

Соответственно на основании этих документов он не будет подлежать призыву поскольку срок его обучения заканчивается позже завершения призывной компании.

Зачисление в магистратуру будет ранее 1 октября — таким образом его не смогут призвать на военную службу в период поступления. 

Отправлять письмо просто на адрес военкомата или на имя военного комиссара? 

Согласно пункта 17 (4) Положения о призыве… справку следует направлятьв районную призывную комиссию. Именно призывная комиссия принимает решение о предоставлении отсрочки

Как правила, призывные комиссии работает в помещениях районных военкоматов, но следует уточнить адрес призывной комиссии в военкомат

. После получения диплома бакалавра сын планирует поступать в магистратуру. Дается ли отсрочка на период поступления?

 Нет, на период между окончанием обучения по программе бакалавриата и поступлением в магистратуре-отсрочки  нет

Но здесь можно применить законный вариант сохранения отсрочки до поступления в магистратуру

 продолжу ответом далее

В соответствии с частью 17 статьи 59 Федерального закона «Об образовании в РФ»-

Обучающимся по основным профессиональным образовательным программам после прохождения итоговой аттестации предоставляются по их заявлению каникулы в пределах срока освоения соответствующей основной образовательной программы, по окончании которых производится отчисление обучающихся в связи с получением образования.

http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_140174/95d9ecc180e13e58ff632723375f109b36986b8c/

 Это т.н. «последипломные каникулы», студент до окончания каникул сохраняет свой статус и, таким образом, сохраняет право не отсрочку.  Приказ об отчислении издается после окончания каникул.
Заявление  о предоставлении каникул, следует писать заблаговременно, до начала итоговой аттестации

Таким образом, после окончания бакалавриата, при условии использования после дипломных каникул, ваш сын сможет поступить в магистратуру, и там уже оформить отсрочку для обучения в магистратуре