На работе работодатель хочет вручить повестку в военкомат к которому я не прикреплен

согласно пункта 50 Постановления Правительства РФ от 27.11.2006 N 719 (ред. от 14.10.2021) «Об утверждении Положения о воинском учете

Гражданин обязан

б) являться в установленные время и место по вызову (повестке) в военный комиссариат или иной орган, осуществляющий воинский учет, по месту жительства или месту пребывания, имея при себе военный билет (временное удостоверение, выданное взамен военного билета), справку взамен военного билета или удостоверение гражданина, подлежащего призыву на военную службу, а также персональную электронную карту (при наличии в документе воинского учета отметки о ее выдаче), паспорт гражданина Российской Федерации и водительское удостоверение при его наличии;

согласно «Методическим рекомендациям по ведению воинского учета в организациях» (утв. Генштабом Вооруженных Сил РФ 11.07.2017) следует:

29. В целях поддержания в актуальном состоянии сведений, содержащихся в личных карточках, и обеспечения поддержания в актуальном состоянии сведений, содержащихся в документах воинского учета военных комиссариатов, работники, осуществляющие воинский учет в организациях:

направляют в двухнедельный срок в соответствующие военные комиссариаты муниципальных образований и (или) органы местного самоуправления сведения о гражданах, подлежащих воинскому учету и принятию (поступлению) или увольнению (отчислению) их с работы (из образовательных организаций), согласно приложению N 9 к настоящим Методическим рекомендациям. 

В случае необходимости, а для призывников в обязательном порядке, в целях постановки на воинский учет по месту жительства или месту пребывания либо уточнения необходимых сведений, содержащихся в документах воинского учета, оповещают граждан о необходимости личной явки в соответствующие военные комиссариаты муниципальных образований или органы местного самоуправления;

Поэтому Ваш работодатель обязан был направить сведения о работе в военкомат где вы зарегистрированы и повестку выдать для посещения военкомата по месту жительства или пребывания.

Но если город нахождения работодателя (место вашей работы и вашего фактического проживания) и город вашей регистрации не совпадают, то вы обязаны были встать на учет по месту фактического проживания. Соответственно и работодатель мог выдать вам повестку именно в военкомат, в городе где он находится.

Неявка по повестке влечет ответственность по ст. 21.5 КоАП РФ