Как поступить в этот ситуации?

Добрый день, Олеся.

К сожалению, изменить согласованную цену договора и заставить покупателя доплатить НДС Вы не сможете, так как вина за неуказание НДС в цене товара лежит полностью на продавце. Поскольку покупатель не согласен, то увеличить цену продажи товара Вы можете только  через суд в силу статьи 450 Гражданского кодекса РФ:

1. Изменение и расторжение договора возможны по соглашению сторон, если иное не предусмотрено настоящим Кодексом, другими законами или договором.

2. По требованию одной из сторон договор может быть изменен или расторгнут по решению суда только:

1) при существенном нарушении договора другой стороной;
2) в иных случаях, предусмотренных настоящим Кодексом, другими законами или договором.

Но суд вряд ли пойдет Вам навстречу, так как согласно Определению Верховного суда РФ 01.12.2020 г. № 303-ЭС20-10766 по делу № А24-5838/2019:

… риск неправильного понимания налогового законодательства при определении окончательного размера цены по общему правилу приходится на обязанное по налоговому законодательству лицо — налогоплательщика (исполнителя), и не может с безусловностью перелагаться на другую сторону договора.
Поэтому по общему правилу возможность увеличения цены сделки и дополнительного взыскания сумм НДС с покупателя в случае неправильного учета налога продавцом при формировании окончательного размера цены договора допускается только в случаях, когда такая возможность согласована обеими сторонами договора, либо предусмотрена нормативными правовыми актами (определения Судебной коллегии по экономическим спорам Верховного
Суда Российской Федерации от 20.12.2018 № 306-КГ18-13128, от 23.11.2017
№ 308-ЭС17-9467).

Поэтому покупатель имеет полное право отказаться доплачивать Вам НДС. Взыскать с него убытки едва ли получится.

Как поступить в этот ситуации?

Выставлять счёта с НДС в следующий раз.  Можете попробовать подать в суд на изменение договора в связи с существенным изменением обстоятельств  по ст. 451 ГК РФ

 
1. Существенное изменение обстоятельств, из которых стороны исходили при заключении договора, является основанием для его изменения или расторжения, если иное не предусмотрено договором или не вытекает из его существа.

Можете пояснить, что когда заключали договор с покупателем, то исходили из того, что были на ЕСНХ и цену, соответственно, рассчитывали исходя из издержек этого режима, а потом в силу закона стали на ОСНО, что привело к необходимости добавления НДС к цене товара. Но не факт, далеко не факт, что суд прислушается к таким доводам.

С уважением, Роман.