Должна ли я выплачивать деньги организации, если отчисляюсь с целевого?

Так как договор у Вас по всей видимости заключен совсем недавно, 20-21 год, по крайней мере есть отсылка на действующий в период заключения Договора Положения 1681

https://base.garant.ru/74765624/

Так вот согласно п.53 Вы помимо расходов на меры поддержки, также оплачиваете штраф в размере стоимости обучения

53. В случаях неисполнения заказчиком обязательства по трудоустройству гражданина, принятого на целевое обучение по образовательным программам высшего образования за счет бюджетных ассигнований федерального бюджета в пределах квоты приема на целевое обучение, установленной Правительством Российской Федерации (далее — квота, установленная Правительством Российской Федерации), или гражданином, принятым на целевое обучение по образовательным программам высшего образования за счет бюджетных ассигнований федерального бюджета в пределах квоты, установленной Правительством Российской Федерации, обязательства по осуществлению трудовой деятельности в течение 3 лет, заказчик или гражданин выплачивают штраф в размере расходов федерального бюджета, осуществленных на обучение гражданина в организации, осуществляющей образовательную деятельность по образовательным программам высшего образования за счет средств федерального бюджета (далее — штраф).