Доброго времени суток.
В настоящее время сложилась двойственная ситуация. С одной стороны изменений в ФЗ от 15.08.1996 N 114-ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию» не вносили. Именно этот закон устанавливает основания для временного ограничения выезда гражданина РФ в ст. 15. С ее содержанием вы можете ознакомиться по ссылке Статья 15 \ КонсультантПлюс (consultant.ru)
Как видите, жена могла бы попасть под пункт
2) в соответствии с законодательством Российской Федерации призван на военную службу или направлен на альтернативную гражданскую службу, — до окончания военной службы или альтернативной гражданской службы;
если бы была призвана на военную службу по мобилизации.
Однако, от призыва на военную службу по мобилизации на основании ст.18 ФЗ №31 от 1997 г. «О мобилизационной подготовке и мобилизации» она может быть освобождена в связи с тем, что ей предоставят отсрочку, предусмотренную п.4 ч.1 данной статьи
гражданам женского пола, имеющим одного ребенка и более в возрасте до 16 лет...
Кроме того, согласно заявлений Министра обороны РФ призыв женщин на мобилизацию не осуществляется.
В Минобороны высказались о призыве женщин в рамках частичной мобилизации.
С другой стороны — имеются положения ст.21 ФЗ №31 «О мобилизации»
Гражданам, состоящим на воинском учете, с момента объявления мобилизации воспрещается выезд с места жительства без разрешения военных комиссариатов, федеральных органов исполнительной власти, имеющих запас.
Кроме того, согласно постановления Правительства РФ от 27.11.2006 N 719 «Об утверждении Положения о воинском учете»
В период мобилизации и в военное время выезд граждан, состоящих на воинском учете, с места жительства или места пребывания производится с разрешения военного комиссара муниципального образования (муниципальных образований) по письменным заявлениям граждан с указанием причины убытия и нового места жительства или места пребывания.
Без данного разрешения военкома вашу жену сотрудники Пограничной службы ФСБ могут не выпустить из РФ, вынеся письменное уведомление.
К сожалению, такие случаи имеют место быть. Вот, можете ознакомиться со статьей
Граница дозволена: некоторым россиянам без повесток отказывают в выезде | Статьи | Известия (iz.ru)
Как ей вести себя в аэропорту, чтобы её пропустили
Тут надо понимать, что сотрудники погран службы направят ее к непосредственному начальнику, который проверит наличие оснований для ограничения выезда, может отобрать объяснение. Он будет принимать решение, и в беседе с ним и следует привести доводы, что жена не подлежит призыву по мобилизации. И не выпуская ее, нарушается ее конституционное право на свободу передвижения. Беседу постараться записать на аудио.
Если начальником будет принято решение об отказе в пропуске через границу, то согласно п.35 Приказа ФСБ РФ от 8 ноября 2012 года N 562 Об утверждении Административного регламента Федеральной службы безопасности Российской Федерации по исполнению государственной функции по осуществлению пограничного контроля в пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации
При подтверждении оснований, указанных в пункте 34 Административного регламента, непосредственным начальником должностного лица принимается решение об отказе в пропуске через государственную границу, о чемсообщается лицу, представившему документы на право пересечения государственной границы, с указанием основания отказа и государственного органа, решение которого послужило таким основанием.
И ей следует обжаловать данное решение. В том числе и в судебном порядке, предусмотренном главой 22 КАС РФ. Все же это ограничение ее прав, которые необходимо отстаивать в суде.
Полагаю, что в военкомат в любом случае следует обратиться — если она не вставала на воинский учёт в Санкт-Петербурге, это придётся сделать, а в Хабаровске с учёта сняться. Действия Хабаровского военкомата можно и нужно оспаривать в порядке подчинённости либо через прокуратуру либо суд (если они сами своё решение не отменят), пока пробовать звонить, обращаться дистанционно, получать ответ и дальше действовать по ситуации. Не думаю, что военкомат в Санкт-Петербурге поможет ускорить решение проблемы, надо выходить на Хабаровск. Как вариант — искать там представителя и высылать ему нотариальную доверенность почтой.