Что можно сделать в такой ситуации?

Выделить именно комнату для продажи не получится, такой положительной практики в судах нет. Можно ставить в суде вопрос только об определении порядка пользования комнатами.

Вы вправе продать свои доли  в одной и в другой квартире с учетом преимущественного права других сособственников по ст. 250 ГК РФ и без определения порядка пользования. Если они откажутся купить то вы вправе продать любым посторонним лицам доли. И новые собственники вправе ставить вопрос об определении порядка пользования комнатами вновь.. 

 Статья 246 ГК. Распоряжение имуществом, находящимся в долевой собственности

1. Распоряжение имуществом, находящимся в долевой собственности, осуществляется по соглашению всех ее участников.
2. Участник долевой собственности вправе по своему усмотрению продать, подарить, завещать, отдать в залог свою долю либо распорядиться ею иным образом с соблюдением при ее возмездном отчуждении правил, предусмотренных статьей 250 настоящего Кодекса.

Статья 247. Владение и пользование имуществом, находящимся в долевой собственности

1. Владение и пользование имуществом, находящимся в долевой собственности, осуществляются по соглашению всех ее участников, а при недостижении согласия — в порядке, устанавливаемом судом.

Так что вам лучше просто продать свои доли, раз не получается пользоваться.  

Добрый вечер, Димитр!

В соответствии с пунктом 12 Постановления Правительства от 28.01.2006 г. № 47:

Жилое помещение должно быть обеспечено инженерными системами (электроосвещение, хозяйственно-питьевое и горячее водоснабжение, водоотведение, отопление и вентиляция, а в газифицированных районах также и газоснабжение). 

Только в этом случае комната может быть признана жилым помещением. Судебная практика идет по пути отказа в переводе квартир из частной собственности в собственность коммунальную (когда общие места принадлежат собственникам комнат). Поэтому выделить комнату не получиться.

Надо определить порядок пользования комнатами (тем более у вас в собственности имеется значительная доля в обеих квартирах). В этом случае Вы сможете сдать свою комнату или продать (больше шансов при продаже, так доля будет не виртуальная, а фактическая). Так же разделить лицевые счета, чтобы платить только за свою долю.

Если добровольно разделить счета не получиться, это можно сделать в судебном порядке.

выделить их в виде отдельных комнат, для продажи.

 Димитр!

Выделить в натуре комнаты в квартире нельзя, т.к. это технически невозможно.

Вы можете только определить порядок пользования конкретной комнатой в судебном порядке (ст. 246, 247 ГК РФ).

платить за коммунальные платежи

 В судебном порядке можно определить порядок оплаты коммунальных платежей с выдачей каждому отдельной квитанции.

дать возможность спокойно пользоваться квартирой не дают.

 Если вам создаются препятствия в пользовании, тогда подавайте иск об устранении препятствий в пользовании квартирой.

В собственности есть доля (2/3) в одной квартире, и (1/2) в другой

 Вы можете продать ваши доли в порядке ст. 250 ГК РФ