Или это в любом случае может делать только правообладатель?

Ольга, здравствуйте!

Сначала нужно разобраться с теорией.

Так, согласно ст. 1236 ГК РФ 

ГК РФ Статья 1236. Виды лицензионных договоров
  
1. Лицензионный договор может предусматривать:

1) предоставление лицензиату права использования результата интеллектуальной деятельности или средства индивидуализациис сохранением за лицензиаром права выдачи лицензий другим лицам (простая (неисключительная) лицензия);

 
2) предоставление лицензиату права использования результата интеллектуальной деятельности или средства индивидуализации без сохранения за лицензиаром права выдачи лицензий другим лицам (исключительная лицензия).

Как вы указали, что собрались заключать лицензионный договор  с простой неисключительной лицензией.  Эта лицензия предоставляет право Лицензиару предоставлять права другим пользователям.

Вид лицензий и конкретный вид прав безусловно определяет Правообладатель. 

Вот теперь можно ответить на вопрос. 

 Но т.к. клиент будет заключать договор на продажу от своего лица, имеет ли он право заключать лицензионный договор с конечным клиентом от своего лица? Или это в любом случае может делать только правообладатель?

При наличии неисключительной лицензии он будет иметь право заключать договор с конечным потребителем. 

Между тем, Правообладатель также вправе заключать договор с конечным потребителем. 

Исходя из возникшей ситуации требуется все-таки уточнить схему, по которой Правообладатель будет предоставлять лицензии, а также каким образом будет реализовывать программное обеспечение. 

Например, если осуществляется простая продажа ключей, либо ПО на диске, либо по ссылке, где можно скачать ПО, то для этого  лицензия не требуется.  Она требуется, если осуществляется  непосредственное использование ПО. Если что-то иное, то конечно требуется обсуждением с юристом.

Если потребуется более подробная консультация, пишите в чат.

С уважением,  юрист Квон Дмитрий Викторович.