Здравствуйте, хотим продать квартиру и купить дом, но квартира в ипотеке и использован мат капитал

Здравствуйте, никаких препятствий в этом нет. Главное, чтобы права детей не бвли ухудшены и площадь приобретаемого жилья бвла больше или равна доле ребёнка в квартире, где был использован материнский капитал. 

Короче, подбирает дом, заключаете предварительный договор купли — продажи) никакие задатка и залоги не пишите и не передавайте). Этот договор несёте в Банк и в органы опеки. Получаете согласие на сделку, после чего совершаете ее. Если есть какие-то нюансы (типо не хочу прописывать детей, площадь дома меньше квартиры) птшите, всё решаемо на законных основаниях