Станислав!
Медицинское освидетельствование военнообязанных граждан на предмет годности к военной службе осуществляется по правилам Положения о военно-врачебной экспертизе, которое было утверждено Постановлением Правительства РФ №565 от 4.07.13, указанное Вами переосвидетельствование действительно может проводиться, но до последнего времени военкоматы не уделяли этому вопросу достаточно внимания, поскольку (как мне кажется) поставленные перед ними задачи по набору необходимого числа военнослужащих они могли решить и без тех, чьё здоровье вызывает вопросы и человек заведомо не вполне годен к прохождению военной службу, особенно, если проблемы со здоровьем достаточно серьёзны и надежды на существенное улучшение здоровья с возможностью изменения категории годности на А или Б нет.
Однако, в последнее время ситуация качественно изменилась, военкоматы обновляют учётные базы, уже намного больший интерес представляют и потенциальные призывники по мобилизации с категорией В, формально они не имеют права на отсрочку по мобилизации и сама возможность службы в военное время (на что они годны) не представляется маловероятной сейчас.
Поэтому ранее Вы не представляли особого интереса для военкомата в плане возможного призыва и ранее вопросов не возникало. Сейчас к вопросам воинского учёта относятся намного более строго и устраняют всяческие нестыковки в базах данных, а потому логична и рекомендация для Вас решить вопросы с военкоматом, чтобы вопросов не было и к военно-учётному столу.
С точки зрения действующего законодательства Ваше непрохождение контрольного освидетельствования может рассматриваться как нарушение правил воинского учёта, но сроки прошли и сейчас Вас вряд ли будут привлекать к ответственности за то, что в 2004 году Вы не явились в военкомат.
Вместе с тем, учитывая развитие событий в стране, могу предположить, что сейчас военкомат может вернуться к вопросу оценки состояния Вашего здоровья и направить на ВВК, если Вы к ним обратитесь для решения указанного вопроса (если Вы до сих пор состоите в запасе и подлежите воинскому учёту).
Так что решать Вам — если необходимость решить вопросы с военно-учётным столом для Вас актуальна, надо обращаться в военкомат, а там не исключена повторная постановка вопроса о прохождении Вами военно-врачебной комиссии на предмет годности к военной службе, там всё будет зависеть от фактического состояния Вашего здоровья (учитывая данные медицинских документов, которые у Вас могли сохраниться за это время и выводы врачей по результатам ВВК).
Если можете обойтись без урегулирования вопросов с военно-учётным столом, то стоит ли сейчас обращаться самому в военкомат — решать Вам.