Могу ли я внести материнский капитал на первоначальный взнос за ипотеку, если у нас с супругом брачный договор, что я на эту собственность не буду иметь никаких прав?

К сожалению не получится  использовать материнский капитал на первоначальный взнос, ведь приобретение имущества с материнским капиталом не может регулироваться брачным договором. Согласно ст. 10 Федерального закона «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей»

жилое помещение, приобретенное с использованием средств  материнского (семейного) капитала, оформляется в общую собственность родителей, детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.

Брачный договор в этом случае не имеет значения, он регулирует режим общей собственности супругов. Материнский же капитал — средства федерального бюджета, передаваемые в бюджет Пенсионного фонда РФ на реализацию дополнительных мер государственной поддержки, установленных настоящим законом. Брачный договор в этой части будет противоречить данному вами обязательству в соглашении, поскольку при использовании материнского капитала, т.е. при принятии вашей семьей решения об использовании средств материнского капитала на оплату части жилого помещения, предполагается, что вы с супругом фактически изменили брачный договор в той части, которая приходится на материнский капитал. Поэтому для использования материнского капитал вам для начала потребуется внести изменения в брачный договор.