В 2005 году была выкуплена вторая комната в этой же квартире и начиная с этого времени до 2022 года числилось 2 объекта недвижимости (комната 1 и комната 2) за одним собственником

Диана, добрый день! Налоговая в данной ситуации не права если общая площадь нового объекта совпадает с площадью комнат 1 и 2. Срок владения в такой ситуации считается с даты регистрации права собственности на последнюю по времени комнату, а не на объект, как видимо считает налоговая. Такие разъяснения даны, например в Письме Минфина России от 11.12.2017 N 03-04-05/82415 на которое Вы можете сослаться в ответе налоговой. В свою очередь если доход от продажи имущества освобожден от налога по срокам владения он не должен отражаться в налоговой декларации ( п. 4 ст. 229 НК РФ).

Здравствуйте, Диана!

В соответствии с п. 2 ч. 3 ст. 217.1 НК РФ, если объект недвижимости был получен в результате приватизации, минимальный предельный срок владения, необходимый для освобождения от уплаты НДФЛ, составляет 3 года.

Еще в письме ФНС от 22.10.2012 № ЕД-4-3/17824@ было разъяснено, что в случае приращения долей у одного владельца срок начинает отсчитываться от возникновения права собственности на его первую долю. То есть отталкиваться необходимо от 2003 года, когда была приватизирована первая комната.

Но тут есть такой нюанс: как я понимаю, у Вас было 2 самостоятельных объекта со своими кадастровыми номерами. После их объединения образовался третий объект с новым кадастровым номером. Поэтому ФНС, ориентируясь на формальные признаки, видит, что этим объектом Вы владеете менее 3 лет, и потому требует уплатить НДФЛ с продажи.

Вам необходимо доказать, что фактически право собственности на этот объект возникло раньше. Но, скорее всего, делать это придется в судебном порядке.

Здравствуйте, Диана!

Письмом  Департамента налоговой и таможенной политики Минфина России от 3 ноября 2017 г. N 03-04-05/72486 разъяснено, что:

при определении в целях налогообложения срока владения объектом недвижимого имущества моментом возникновения права собственности на образованную в результате объединения комнат квартиру (в пределах общих границ исходных комнат налогоплательщика) следует считать дату первоначальной государственной регистрации права собственности на исходные комнаты, которые до момента отчуждения не выбывают из владения, пользования и распоряжения налогоплательщика

В связи с тем, что право собственности прекращается при отчуждении собственником своего имущества другим лицам, отказе собственника от права собственности, гибели или уничтожении имущества и при утрате права собственности на имущество в иных случаях, предусмотренных законом, а законодательством не предусмотрено в качестве основания прекращения права собственности на недвижимое имущество объединение двух объектов недвижимости в один, то право собственности на комнаты у Вас не прекратилось.

Отсчет даты приобретения начинается с более поздней, то есть с 2005 года, когда Вы приобрели вторую из комнат.

Об этом также говорится и в определении Судебной коллегии по административным делам Верховного Суда Российской Федерации от 06.04.2016 N 70-КГ15-1.

Данное решение устанавливает, что когда принималось решение  об объединении комнат в одну квартиру право собственности налогоплательщика, возникшее в 1997 году на две комнаты и в 2005 году, не прекратилось,  следовательно, срок нахождения объекта недвижимости в собственности следует исчислять именно с момента приобретения третьей комнаты (с 2005 года), а не с момента регистрации изменений объекта недвижимости в связи с объединением комнат в квартиру (2013 год).

В связи с этим, не очень понятна позиция налоговой, если они сами в своих разъяснениях и письмах приводят такие примеры. 

Рекомендую написать в адрес налоговой ответ, ссылаясь на вышеприведенные доводы.