Положены ли выплаты в 3млн?

Но заболевание получено на территории СВО и во время СВО. Ранее этого заболевания не было. На СВО уехал здоровым. Как тогда быть?

 ТО что оно получено в зоне СВО не является основанием для применения данного указа, которым прямо оговорены условия и основания для денежной выплаты.
Вы можете потребовать выплату с МО РФ на общих основаниях гражданской ответственности в силу ст. 1084 ГК РФ, но при условии доказанности того, что вред Вашему здоровью находится в прямой причинной связи с отданными приказами командования и его вины.

На это обращено внимание в «Обзоре практики рассмотрения судами дел о возмещении вреда, причиненного жизни или здоровью военнослужащих, граждан, призванных на военные сборы, лиц рядового и начальствующего состава органов внутренних дел Российской Федерации, Государственной противопожарной службы, органов по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, сотрудников учреждений и органов уголовно-исполнительной системы»
(утв. Президиумом Верховного Суда РФ 23.12.2015)

21. Обязанность по возмещению вреда жизни или здоровью военнослужащих и приравненных к ним лиц в порядке главы 59 Гражданского кодекса Российской Федерации за счет соответствующей казны возникает в случае установления вины государственных органов или их должностных лиц в причинении такого вреда.