Открыты были ООО на меня и супругу, прошло время и налоговая говорит что были произведены мошеннические

Да тут как вы договоритесь. Зависит от города, где вы живете и аппетита конкретного адвоката\юриста.

По сути — вам выгодно сотрудничать со следствием, чтобы установили основных преступников.

Но тут надо не забывать о том, что уголовная ответственность по ст.173.2 УК РФ есть

1. Предоставление документа, удостоверяющего личность, или выдача доверенности, если эти действия совершены для внесения в единый государственный реестр юридических лиц сведений о подставном лице, -

наказываются штрафом в размере от ста тысяч до трехсот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от семи месяцев до одного года, либо обязательными работами на срок от ста восьмидесяти до двухсот сорока часов, либо исправительными работами на срок до двух лет.

И надо понимать, что срок давности по ней — 2 года с момента совершения регистрации ООО