Подавать в арбитраж на исключение участника из общества или на налоговую о снятии записи?

Дмитрий, конечно, самый простой способ это подать в налоговую форму Р13014 для подтверждения достоверности содержащихся в ЕГРЮЛ данных. Но, как я понимаю, у Вас нет связи с тем участником, от имени которого была подана форма Р34001. Поэтому, в данной ситуации я вижу только два пути действия:

— обжаловать решение ИФНС о внесении записи в вышестоящий налоговый орган;

— подача соответствующего искового заявления в арбитражный суд. 

Здравствуйте

думаю Вам надо обратиться в суд.

Закон об ООО

Статья 10. Исключение участника общества из общества
Участники общества, доли которых в совокупности составляют не менее чем десять процентов уставного капитала общества, вправе требовать в судебном порядке исключения из общества участника, который грубо нарушает свои обязанности либо своими действиями (бездействием) делает невозможной деятельность общества или существенно ее затрудняет.

Участники хозяйственного общества вправе исключить из него в судебном порядке участника, который своими действиями (бездействием) причинил существенный вред обществу либо иным образом существенно затруднял его деятельность и достижение целей, ради которых оно создавалось, в том числе грубо нарушая свои обязанности, предусмотренные законом или учредительным документом общества (п. 1 ст. 67 ГК РФ). Возможность исключения участника не зависит от того, могут ли быть последствия действий (бездействия) участника устранены без лишения его права участвовать в управлении обществом (п. 9 Обзора судебной практики от 25.12.2019).