Как оформить это, чтобы обезопасить себя?

Здравствуйте. Первое, что рекомендую практически однозначно — обратитесь к специалисту на платной основе.

Если основы, то кратко так:

Если будете возвращать деньги работодателю — пусть он пишет расписку (если это не перевод), в котором укажет, что Вы возместили недостачу денежных средств. Писать в этой расписке о том, совершали Вы на самом деле присвоение или нет — не рекомендую. Только факт передачи для погашения недостачи.

Следователь может и дальше продолжать проверку и даже возбудить уголовное дело. 

Добрый день. Факт возмещения ущерба лицом, совершившим хищение не является безусловным основанием для освобождения от уголовной ответственности, а лишь относится к смягчающим обстоятельствам.

Хищение, совершенное в любой форме признается оконченным преступлением с момента, когда у виновного появилась возможность распорядиться похищенным.

Если речь идет о присвоении денежных средств в сумме 600 т.р., то данное деяние содержит признаки состава преступления, предусмотренного ч.3 ст. 160 УК РФ, максимальная санкция за совершение которого предусматривает лишение свободы на срок до 6 лет.

Соответственно, согласно ч.4  ст. 15 УК РФ, данное преступление относится к категории тяжких.

Таким образом, в данном случае не могут быть также применены положения ст. 76 УК РФ, которая предусматривает возможность освобождения от уголовной ответственности, если лицо, впервые совершившее преступление небольшой или средней тяжести примирилось с потерпевшим и загладило причиненный потерпевшему вред