В какие сроки налоговый орган может обратиться в суд общей юрисдикции по ст 48 учитывая всё особенности?

Ответ на ваш вопрос прямо указан в ст. 48 НК РФ. Взыскание задолженности за счет имущества налогоплательщика (плательщика сборов) — физического лица, не являющегося индивидуальным предпринимателем

3. Налоговый орган вправе обратиться в суд общей юрисдикции с заявлением о взыскании задолженности:

 
1) в течение шести месяцев со дня истечения срока исполнения требования об уплате задолженности в случае, если размер отрицательного сальдо превышает 10 тысяч рублей;

 
2) не позднее 1 июля года, следующего за годом, в течение которого налоговым органом осуществлено обращение в суд с заявлением о взыскании задолженности, в случае неисполнения обязанности по требованию об уплате задолженности, на основании которого подано такое заявление, и образовании после подачи предыдущего заявления задолженности, подлежащей взысканию в соответствии с настоящим пунктом, в сумме более 10 тысяч рублей,

либо года, на 1 января которого сумма задолженности, подлежащая взысканию в соответствии с настоящим пунктом, превысила 10 тысяч рублей,

 
либо года, на 1 января которого истекло три года со срока исполнения требования об уплате, и сумма задолженности, подлежащая взысканию в соответствии с настоящим пунктом, не превысила 10 тысяч рублей,

либо года, на 1 января которого истекло три года, следующих за годом, в течение которого налоговый орган обратился в суд с заявлением о взыскании задолженности, и при этом по требованию об уплате указанной задолженности, взыскиваемой в судебном порядке, образовалась новая сумма задолженности, подлежащая взысканию в соответствии с настоящим пунктом, в сумме менее 10 тысяч рублей.

Непонятно, что вы имели ввиду, указывая,  «учитывая всё особенности?»