Возможно ли на этапе заключения контракта исключение из перечня нескольких позиций, так как при проведение закупки не все товары должны были быть в одной закупке

Добрый день, ответ на ваш вопрос отрицательный, так как согласно части 1 статьи 34 Закона № 44-ФЗ контракт заключается на условиях, предусмотренных извещением об осуществлении закупки или приглашением, документацией о закупке, заявкой участника закупки, с которым заключается контракт, за исключением случаев, в которых в соответствии с настоящим Федеральным законом извещение об осуществлении закупки или приглашение, документация о закупке, заявка не предусмотрены. 

Но в процессе исполнения контракта вы можете заключить дополнительное соглашение либо исполнить его частично, а затем расторгнуть.