Могут ли регистрацию по месту пребывания, на которую оформлен ИП признать фиктивной?

Здравствуйте Николай

Открыть ИП в России могут как резиденты, так и нерезиденты страны. Отличие будет лишь в размере уплачиваемых налогов, в вашем случае он составит 30 %. 

Чтобы оформить ИП, нерезиденту нужно проживать в России постоянно, а значитиметь разрешение на временное пребывание или вид на жительство, т.к. постановка на учет возможна только по месту регистрации физического лица, то обязательно должна быть и прописка — постоянная или временная, а если она у вас есть никаких проблем не будет.
Виза лишь подтверждает, что гражданин находится на территории страны законно.

Здравствуйте!

Насколько законно оформлять ИП, если статус нерезидента?

законно, Федеральный закон от 08.08.2001 N 129-ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей» не запрещает гражданам РФ, являющимся налоговыми НЕрезидентами РФ, регистрироваться в качестве ИП.

Могут ли регистрацию по месту пребывания, на которую оформлен ИП признать фиктивной?

могут, конечно, но чаще всего это происходит в субъектах РФ с льготными ставками по налогообложению.

Нахожусь более полугода вне России и становлюсь налоговым нерезидентом. Переводят на ГПХ и буду платить налог 30%

налоговые НЕрезиденты РФ платят НДФЛ с доходов от источников в РФ (ст.209 НК), которые определены в ч.1 ст.208 НК, в частности вознаграждение за выполнение трудовых или иных обязанностей, выполненную работу, оказанную услугу, совершение действия в РФ.

поэтому вполне вероятно, что НДФЛ Вы как налоговые НЕрезидент не должны, а должны платить налоги в стране своего нового резидентства.