2.Данные средства головной офис чешской компании планирует оставить на счете представительства в РФ как финансирование представительства по текущим расходам

Добрый день!

1- По общим правилам при выплате российской компанией вознаграждения в пользу иностранной компании (Чехия) за оказанные услуги на территории Чехии налога на прибыль у источника выплаты не возникает (ст. 307, 309 НК РФ). Таким образом, российская компания не признается налоговым агентом по налогу на прибыль при выплате вознаграждение за оказанные ей услуги в пользу иностранной компании.

2- Вопрос о возникновении обязанности российской компании (налогового агента) по исчислению и удержанию НДС в момент выплаты вознаграждения за оказанные услуги в пользу иностранной компании (Чехия) будет зависеть от того, какого рода услуги были оказаны иностранной компанией (Чехия) в интересах российского заказчика. От вида услуг будет зависеть определения места реализации услуг в целях НДС. Например, если услуги относятся к культуре, образованию, спорту и т.п., то для целей НДС важно место фактического оказания услуг.
Для других видов услуг место реализации определяется по месту деятельности исполнителя (Чешская компания), за следующим исключением:

Место оказания услуг в целях НДС определяется по месту нахождения покупателя (российской компании) в отношении следующих услуг: консультационные, юридические, маркетинговые, рекламные и т.д.  (конкретный перечень установлен в пп. 4 п. 1 ст. 148 НК РФ).

3- Ограничений, препятствующих осуществлению оплаты за услуги головной организации на счет своего представительства, в НК РФ не предусмотрено.

4- В целом следует отметить, что окончательный ответ на вопрос возникает ли риск постоянного представительства в РФ и необходимость уплаты данным представительством налогов в России в связи с зачислением средств от оказанных в пользу российской компании услуг, будет зависеть от вида оказанных услуг и договорной документации, на основании которой производились взаиморасчеты. При необходимости, готов проконсультировать в чате.