Неужели я должна его подарить государству?

кто должен возмещать сумму утраченного земельного участка,

 Государство обязуется возмещать рыночную стоимость и понесенные убытки изъятого участка частной собственности.
Федеральные органы исполнительной власти, органы местного самоуправления или органы исполнительной власти субъектов РФ принимают решение об изъятии земельного участка для муниципальных или государственных нужд. Подробнее об этом можно узнать в статье 279 Гражданского кодекса РФ (п. 3).

ГК РФ Статья 279. Изъятие земельного участка для государственных или муниципальных нужд
 
1. Изъятие земельного участка для государственных или муниципальных нужд осуществляется в случаях и в порядке, которые предусмотрены земельным законодательством.

3. Решение об изъятии земельного участка для государственных или муниципальных нужд принимается федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации или органами местного самоуправления, определяемыми в соответствии с земельным законодательством.

Скорее всего, Вам предложили добровольно передать в обмен на сертификат?

Далее  в связи со ст. 76.ЗК РФ Возмещение вреда, причиненного земельными правонарушениями

1. Юридические лица, граждане обязаны возместить в полном объеме вред, причиненный в результате совершения ими земельных правонарушений.

надо смотреть, не были ли допущены те самые нарушения  со стороны органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации или органов местного самоуправления при выделении данного з/у под строительство жилого дома? Если да, то ст. 76.3 ЗК РФ.

Обращаться для начала нужно в прокуратуру по месту жительства /нахождения дома и участка. С письменным заявлением о защите своих прав.

Здравствуйте, Екатерина!

Государственные жилищные сертификаты выдаются в целях оказания помощи в приобретении жилого помещения гражданами Российской Федерации, пострадавшими в результате чрезвычайных ситуаций, стихийных бедствий, как это предусмотрено Постановлением  Правительства РФ от 7 июня 1995 г. N 561.

То-есть    жилищный сертификат выдается взамен утраченного жилого помещения, его выдача носит компенсационный характер.

При этом землю, участок и дом мы должны передать муниципалитету.

Вот этого нет  в  Постановлении №561, но есть в выданной Вам памятке, как   обязательство о безвозмездной передаче земельного участка. 

Неужели я должна его подарить государству?

Вы не обязаны прикладывать к заявлению обязательства о передаче земельного участка, находящегося в Вашей собственности. 

То-есть  выдача  сертификата  на жилое помещение никак не связан с Вашим земельным участком. При отказе в выдаче жилищного сертификата   обращайтесь в суд. 

Как я могу возместить ущерб? На какие законы ссылаться? Куда обращаться?

Возмещение от государства  за земельный участок Вы сможете получить  только при его изъятии у  Вас.

Общий порядок  такого изъятия   предусмотрен ст.32 ЖК РФ .