Не будет помехой, то что он изначально в гражданской лечился?

Добрый день.

Нет, не будет. В силу п. 99-102 Приказа МО РФ № 727 от 2019 года «Об определении Порядка обеспечения денежным довольствием военнослужащих Вооруженных Сил Российской Федерации и предоставления им и членам их семей отдельных выплат», он будет получать денежное довольствие в полном объеме

99. Военнослужащим по контракту денежное довольствие выплачивается в полном объеме за период непрерывного нахождения на лечении в медицинских организациях и в отпуске по болезни, предусмотренном Положением о порядке прохождения военной службы.

Поэтому Ваши опасения напрасны. Ничего он не лишится.

А ему предоставлен отпуск по болезни приказом командира?

Командир части знает о том, что у него категория Г?

Добрый день.

В нём прописано что ему присвоенна категория г на 30 дней, после чего опять поедим и ему ещё продлят на 30 дней, а потом уже назначат ввк.

 После окончания отпуска по болезни, он может обратиться с рапортом о проведении ВВК с целью определения годности его к военной службе, для определения возможности его увольнения.

За период нахождения его в отпуске по болезни — ему выплачивается денежное довольствие.

Приказ Министра обороны РФ от 06.12.2019 N 727 на этот счет указывает, что 

99. Военнослужащим по контракту денежное довольствие выплачивается в полном объеме за период непрерывного нахождения на лечении в медицинских организациях и в отпуске по болезни, предусмотренном Положением о порядке прохождения военной службы.

Или уберут при категории г?

 Категория годности Г, действует до его выздоровления.