Как можно по срокам давности переделать часть дома на себя, так как второй собственник не появлялся больше 15 лет

В судебном порядке можно пробовать. 

Статья 234. Приобретательная давность
1. Лицо — гражданин или юридическое лицо, — не являющееся собственником имущества, но добросовестно, открыто и непрерывно владеющее как своим собственным недвижимым имуществом, если иные срок и условия приобретения не предусмотрены настоящей статьей, в течение пятнадцати лет либо иным имуществом в течение пяти лет, приобретает право собственности на это имущество (приобретательная давность).