Как убрать мать из свидетельства о рождения, если она лишена прав?

Законом это не предусмотрено. У вас есть на руках решение суда об этом. 

Добрый день. Нет нельзя, т.к. мать лишённая родительских прав, имеет право в любой момент восстановиться в них,  обратившись в инспекцию по опеке и попечительству, а затем и в суд.