Начальство попросило сделаться самозанятым, обещали оплатить налог, но ничего не платят, куда я могу обратиться

Здравствуйте. Если в вашем договоре как с самозанятым имеются следующие признаки (или часть их):

закрепление в предмете договора трудовой функции (выполнение работником лично работ определенного рода, а не разового задания заказчика);
отсутствие в договоре конкретного объема работ (значение для сторон имеет сам процесс труда, а не достигнутый  результат);
установление договором ежемесячной оплаты труда в определенной сумме;
выполнение работы по договору с включением работника в производственную деятельность организации-заказчика;
подчинение работника внутреннему трудовому распорядку, выполнение распоряжений работодателя, за невыполнение которых предусмотрена дисциплинарная ответственность;
не разовый, а систематический характер договора, который заключается на год или до окончания календарного года;
возложение договором материальной ответственности на фактического исполнителя работ;
обеспечение контроля выполнения работ по договору со стороны заказчика;
обеспечение заказчиком условий труда исполнителя;
наличие в договоре условия, согласно которому исполнитель должен зарегистрироваться в качестве ИП, при этом при прекращении получения денег от заказчика исполнитель снимается с учета в качестве ИП;
выполнение исполнителем работ по договору с использованием материалов, инструментов и оборудования заказчика на его территории.

то это фактически является трудовым договором.

Вы можете обратиться в трудовую инспекцию с жалобой на работодателя.