В ЗАГСе не получится, так как муж в армии, а суд не может развести, из-за того, что супруг прописан в другом городе

Подавайте заявление о расторжение брака по месту жительства ответчика, то есть по месту жительства вашего супруга. В заявлении укажите, что Ваш супруг возражает против расторжении брака, чтобы определить судебную подсудность. Что касается фактического участия Вашего супруга то согласно процессуальному законодательств сторона может участвовать в суде как лично, так и через представителя. Если Ваш супруг имеет статус мобилизованного, то производство по делу может быть приостановлено на основании ст. 215 ГПК РФ.