Можно ли сделать ребенку временную регистрацию в квартире его отца, если есть запрет на регистрацию иных лиц?

Здравствуйте! 

Этот запрет никак не влияет на возможность прописать ребенка.

В силу закона Вы можете это сделать (ст. 20 ГК РФ)

2. Местом жительства несовершеннолетних, не достигших четырнадцати лет, или граждан, находящихся под опекой, признается место жительства их законных представителей — родителей, усыновителей или опекунов.

Поэтому никто Вам не откажет в совершении этого действия.