Что делать, если один из наследников не хочет продавать недвижимость через агентство, а другой хочет продать через агентство

Надо договариваться, иначе не получится продать квартиру совместно и придется продавать каждому свою долю, что неудобно и в цене дешевле. 

 Ст. 250 ГК РФ.
2. Продавец доли обязан известить в письменной форме остальных участников долевой собственности о намерении продать свою долю постороннему лицу с указанием цены и других условий, на которых продает ее.
Если остальные участники долевой собственности не приобретут продаваемую долю в праве собственности на недвижимое имущество в течение месяца, а в праве собственности на движимое имущество в течение десяти дней со дня извещения, продавец вправе продать свою долю любому лицу. В случае, если все остальные участники долевой собственности в письменной форме откажутся от реализации преимущественного права покупки продаваемой доли, такая доля может быть продана постороннему лицу ранее указанных сроков.