Что ему будет если он напишит рапорт и уедет от туда?

Если он уедет самовольно то тут как минимум может быть уголовная ответственность по ст. 337 УК РФ,

2.1. Самовольное оставление части или места службы, а равно неявка в срок без уважительных причин на службу продолжительностью свыше двух суток, но не более десяти суток, совершенные военнослужащим, проходящим военную службу по призыву или по контракту, в период мобилизации или военного положения, в военное время либо в условиях вооруженного конфликта или ведения боевых действий, -

наказываются лишением свободы на срок до пяти лет.

Если срок отсутствия составит более 10 суток, но менее месяца, то наказание будет строже — до 7 лет

а как максимум по ст. 338 УК РФ (дезертирство)

ССылка

www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_10699/727a7441c52a3e603e313e8af5f150693857134e/

Его личное дело еще не пришло, но его уже отправили на полигон и собираются отправить на войну

 Это не является основанием для убытия. Он назначен на должность в эту часть с момента издания приказа о назначении на должность.

Личное дело может прийти позднее