Если решение арбитражного суда обжаловалось в апелляции, то с какого судебного акта отсчитывается 3 месяца на подачу заявления о компенсации судебных расходов?

Согласно п.1 ст.103.1 ГПК РФ, «Заявление по вопросу о судебных расходах, понесенных в связи с рассмотрением дела в суде первой, апелляционной, кассационной инстанций, рассмотрением дела в порядке надзора, не разрешенному при рассмотрении дела в соответствующем суде, может быть подано в суд, рассматривавший дело в качестве суда первой инстанции, в течение трех месяцев со дня вступления в законную силу последнего судебного акта, принятием которого закончилось рассмотрение дела».

Соответственно, у вас есть 3 месяца со дня вступления в силу судебного акта суда апелляционной инстанции.