Здравствуйте, Мария,
Согласно ч. 3 ст. 65 СК РФ, место жительства детей при раздельном проживании родителей устанавливается соглашением родителей. При отсутствии соглашения спор между родителями разрешается судом исходя из интересов детей и с учетом мнения детей.
https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_8982/a0ad3eae55e66a972e69d952db4a21a40b10d22a/
Таким образом, необходимо учесть — с кем из родителей после развода определена проживать несовершеннолетняя.
Если с матерью (вероятнее всего) — и мать возражает снятию ребенка с регистрационного учета — собственнику жилья следует решать вопрос в судебном порядке — путем подачи искового заявления о признании несовершеннолетней утратившей право пользования жилым помещением.
При этом, следует учесть, что в п. 14 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 02.07.2009 N 14 «О некоторых вопросах, возникших в судебной практике при применении Жилищного кодекса Российской Федерации» даны следующие разъяснения:
14. В силу положений Семейного кодекса Российской Федерации об ответственности родителей за воспитание и развитие своих детей, их обязанности заботиться об их здоровье, физическом, психическом, духовном и нравственном развитии расторжение брака родителей, признание его недействительным или раздельное проживание родителей не влияют на права ребенка (пункт 1 статьи 55, пункт 1 статьи 63 СК РФ), в том числе на жилищные права. Поэтому прекращение семейных отношений между родителями несовершеннолетнего ребенка, проживающего в жилом помещении, находящемся в собственности одного из родителей, не влечет за собой утрату ребенком права пользования жилым помещением в контексте правил части 4 статьи 31 ЖК РФ.
https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_89120/06a45105b085227b81de9c834ba85af51bf67976/
Несмотря на то, что отец не является собственником спорного жилища — перед обращением в суд целесообразнее снять его с регистрационного учета в этой квартире, так как — по общему правилу — право пользования жилым помещением несовершеннолетнего — производно от права пользования этим помещением его родителей(несмотря на расторжение брака).
В исковом заявлении следует указать, что после расторжения брака место жительства несовершеннолетней определено с матерью. Мать проживает с другом городе, несовершеннолетняя фактически проживает с нею. По месту регистрации в спорной квартире несовершеннолетняя не проживает. Ее отец не является собственником спорного жилого помещения и он снят с регистрационного учета (либо проще — родители несовершеннолетней в спорной квартире не зарегистрированы).
Далее, учитывая нормы СК РФ об обязанности родителей заботиться о своих детях, а также связанную с этим правовую позицию ВС РФ, изложенную в вышеуказанном Постановлении Пленума от 02.07.2009 года N 14 (согласно которой права несовершеннолетних детей производны от прав их родителей на жилое помещение) и принимая во внимание, что родители несовершеннолетней утратили право пользования спорной квартирой — производное от их прав право пользования спорным жилым помещением у несовершеннолетней, также, утрачено.
Далее, делаете вывод о том, что — поскольку несовершеннолетняя утратила правом пользования спорным жилым помещением, а сама по себе регистрация не порождает права пользования жилым помещением — регистрация в спорной квартире несовершеннолетней нарушает права истца, как собственника жилого помещения.
Желаю удачи,
Если внучка совсем не вселялась то иск можно подать о признании неприобретшей право пользования жилой площадью. Если вселялась и жила какое то хоть время то прекратившей право пользования жилой площадью.