Здравствуйте.
Будет ли отказ в выдаче лицензии, если во время рассмотрения 30 дней директор поменяется ?
Такого основания для отказа в выдаче лицензии как смена руководителя в законодательстве нет. Исключения из этого правила могут быть, например, в случае, если руководитель является должностным лицом, который подпадает под те критерии (является специалистом и пр.), которые являются основанием для предоставления лицензии. В Вашем же случае лицензия в любом случае выдается юридическому лицу, которое имеет самостоятельность
Юридическим лицом признается организация, которая имеет обособленное имущество и отвечает им по своим обязательствам, может от своего имени приобретать и осуществлять гражданские права и нести гражданские обязанности, быть истцом и ответчиком в суде.
Статья 48 ГК РФ.
Поэтому, повторюсь, основанием для отказа именно факт смены руководителя не является. На момент подачи лицензии у Вас был один руководитель, потом назначен другой — это обычная практика и Ваши внутрикорпоративные потребности.