А череп с двумя перекрещенными костями ( типа Баклановский флаг)является запрещённым в РФ?

Изображение черепа с двумя перекрещенными костями используется, например, для маркировки опасных грузов. Класс 2, подкласс 2.3. «Газы», Класс 6.1. «Ядовитые (токсичные) вещества».
Предусмотрен ГОСТом ГОСТ Р 57479— 2017

Так что сам по себе символ не запрещен. Но он может быть признан запрещенным как эмблема организации, которая признана запрещенной, и которая, используя этот символ, придает ему деструктивное значение.
В российском законодательстве отсутствует перечень символов, которые объявлены запрещенными к использованию или ношению, однако в Кодексе РФ об административных правонарушениях содержится ст. 20.3, устанавливающая административную ответственность за пропаганду и публичное демонстрирование нацистской атрибутики или символики, либо атрибутики или символики, сходной с нацистской до степени смешения.