Я, являюсь генеральным директором, планирую выкупить его по цене равной балансовой стоимости

Здравствуйте!

Продавец (в данном случае юридическое лицо) сам решает, по какой цене и кому продать основное средство. Стороны устанавливают ее в договоре купли-продажи (ст.454 ГК РФ). Цена может быть равной балансовой стоимости.

Если компания является ООО, то возможно потребуется одобрение крупной сделки, если для общества она будет таковой ..

Крупным сделкам посвящена ст.46 Федерального закона от 08.02.1998 N 14-ФЗ  «Об обществах с ограниченной ответственностью»

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_17819/7da4ba58fd91b3f9c6cf40c680e71b3f34f535d0/

Кроме того учитывая, что стороной является единоличный исполнительный орган ( генеральный директор) нужно соблюсти требования ст.45 указанного  выше закона 

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_17819/6d03838c17c5b6e41b2a9a143d7b409c7132d9d0/

Как вариант — получить на сделку  согласие совета директоров (наблюдательного совета) общества или общего собрания участников общества.В этом решении и должно быть указано на согласие общества продать имущество по цене равной балансовой стоимости. 

Добрый вечер! Сделка правомерна, но при описанных условиях у Вас на основании п.п. 2 п. 1 ст. 212 НК РФ возникает облагаемый ндфл доход в размере материальной выгоды определяемой как разница между фактической и рыночной ценой данного имущества.