Как лучше поступить, если проработал три месяца официально, после работодатель попросил уволиться по собственному и работать неофициально и после через 2 недели сократили?

Здравствуйте.

Сперва надо попытаться урегулировать вопрос с работодателем. Если отказывается, пишите претензию работодателю, если не ответит то направляете 

жалобу трудовую инспекцию
в налоговую
в прокуратуру
иск в суд (о признании отношений трудовыми). Так же вы должны понимать, что вам надо доказать факт привлечения вас к трудовым отношениям. Даже если трудовой договор не был оформлен, доказать факт работы можно по другим документам: командировочному листу, какому-либо приказу в отношении работника. Сам факт допуска человека к работе является доказательством наличии правоотношений «работник-работодатель».

Если ответ полезен, ставьте+