Для улучшения моих жилищных условий по некой программе социальных выплат, можно ли доказать, что сын не является членом моей семьи, то есть у меня нет никаких прав на жилплощадь в этой квартире?

Здравствуйте,  Александр.

Если Вас вселял сын в квартиру не по договору коммерческого найма, а как члена семьи, то маловероятно признаться разными семьями в целях улучшения жилищных условий в силу статьи 31 Жилищного кодекса РФ 

2. Члены семьи собственника жилого помещения имеют право пользования данным жилым помещением наравне с его собственником, если иное не установлено соглашением между собственником и членами его семьи. Члены семьи собственника жилого помещения обязаны использовать данное жилое помещение по назначению, обеспечивать его сохранность.

Заключать Договор найма задним числом не советую, могут выявить подделку экспертизой давности составления документов.

С уважением!  Г.А. Кураев