И как лучше сделать: написать жалобу на главврача или сразу в суд обратиться?

Здравствуйте, чтобы в суд обращаться Вам нужно иметь доказательства неправильного лечения, этот факт заключением экспертов подтверждается, а для установления факта некачественного лечения Вам необходимо произвести медицинскую экспертизу качества оказания медицинской помощи.  Для проведения судебной медицинской экспертизы необходимо представить медицинскую документацию, в частности медицинскую карту стационарного больного (историю болезни) за период его нахождения в больнице, также медицинскую документацию, связанную с амбулаторным лечением. Запросите медицинские документы — произведите экспертизу, на основании нее можно обращаться с иском в суд. 

На основании ч. 2 ст. 98 Федерального закона от 21.11.2011 N 323-ФЗ «Об основах охраны здоровья граждан в Российской Федерации»

медицинские организации, медицинские работники и фармацевтические работники несут ответственность в соответствии с законодательством Российской Федерации за нарушение прав в сфере охраны здоровья, причинение вреда жизни и (или) здоровью при оказании гражданам медицинской помощи.

Не особо в порядке подчиненности целесообразно обращаться к главврачу, но можно, Вы также вправе обратиться в Росздравнадзор и районную прокуратуру с жалобами 

Добрый день. Необходимо обращаться с заявлением в суд. Сумму компенсации (ущерба) в заявлении определяете Вы сами. Однако имейте ввиду, что в суде Вам придется доказать причинную связь между кишечным колитом и действиями медицинских сотрудников (сотрудника), которые что-либо нарушили при исполнении своих трудовых обязанностей. Иначе решение будет не в Вашу пользу. На руках должны быть документы, подтверждающие какие-либо нарушения при лечении Вашего ребенка со стороны медицинских сотрудников.