Может ли ИП по грузоперевозкам гражданина РФ, закрепить за ИП машину на Каз учёте и работника имеющего гражданство Республики Казахстан

То, что он гражданин РК, не препятствует получению им водительского удостоверения РФ.

При его отсутствии он уже в силу данного обстоятельства не может быть допущен к управлению транспортным средством и участвовать в перевозках.

По смыслу ст. 25 ФЗ от 10.12.1995 N 196-ФЗ «О безопасности дорожного движения»

13. Не допускается управление транспортными средствами на основании иностранных национальных или международных водительских удостоверений при осуществлении предпринимательской и трудовой деятельности, непосредственно связанной с управлением транспортными средствами.

Таким образом, это первое ограничение которое будет иметь место при его допуске к управлению транспортным средством.