Добрый день. Фактически сложившиеся договорные отношения возникли в связи с тем что выставленный счет был оплатчен покупателем.
В соответствии с абз.3 п.1 ст. 160 ГК РФ двусторонние (многосторонние) сделки могут совершаться способами, установленными пунктами 2 и 3 статьи 434 настоящего Кодекса.
В соответствии с пунктом 2 ст. 432 ГК РФ договор заключается посредством направления оферты (предложения заключить договор) одной из сторон и ее акцепта (принятия предложения) другой стороной.
Согласно пункту 3 ст. 434 ГК РФ письменная форма договора считается соблюденной, если письменное предложение заключить договор принято в порядке, предусмотренном пунктом 3 статьи 438 настоящего Кодекса.
В соответствии с пунктом 3 ст. 438 ГК РФ совершение лицом, получившим оферту, в срок, установленный для ее акцепта, действий по выполнению указанных в ней условий договора (отгрузка товаров, предоставление услуг, выполнение работ, уплата соответствующей суммы и т.п.) считается акцептом, если иное не предусмотрено законом, иными правовыми актами или не указано в оферте.
Таким образом, произведя предоплату покупатель по счету акцептовало договор.