Я зарегистрирован как ИП и после расчета налоговых платежей на случай продажи этого объекта, я понял что выгоднее всего мне будет продать его как ИП и заплатить 6% от суммы сделки

Здравствуйте.

Вы ИП на УСН 6% Доходы?

Если вы будете использовать коммерческое помещения в предпринимательской деятельности сдавать в аренду, денежные средства будут поступать на расчетный счет, то вы сможете продать это помещение и уплатить налог связанный с применением УСН 6%. У вас в ЕГРИП должны быть ОКВЭДЫ: 68 Покупка и продажа собственного недвижимого имущества, 68.20.1 Аренда и управление собственным или арендованным жилым недвижимым имуществом.

Здравствуйте!

если Вы зарегистрированы как ИП, то 

Как мне отнести эту продажу к своему ИП и не выступить в сделке физическим лицом?

как справедливо заметил коллега, Вам нужно добавить указанные в «ОК 029-2014 (КДЕС Ред. 2). Общероссийский классификатор видов экономической деятельности» (утв. Приказом Росстандарта от 31.01.2014 N 14-ст) ОКВЭДы по аренде, покупке и продаже собственной недвижимости, а также либо посдавать немного помещение в аренду, либо оплачивать счета за ЖКХ и т.п., ремонт помещения с р/сч ИП. 

в этом случае будет видно, что помещение используется ИП в его деятельности и приобреталось в качестве товара для перепродажи или основного средства для сдачи в аренду, например.