Дадут ли шенген в др стране если он все же уедет в таком статусе?

     Добрый день.

     Насколько я понимаю, речь идет о том, что срок нахождения в Шенгене по выданной визе у Вас истек и Вас пугает это. Но на срок рассмотрения вопроса по ВНЖ у Вас не будет считаться нарушением нахождение в Испании за пределами срока по  полученной визе. Даже если происходит отказ в выдаче ВНЖ, устанавливается срок в течении которого необходимо выехать из страны. 

1. Выпустят ли его в таком статусе из страны, если он покажет матрикулу и зачисление на курсы?

     Да, его выпустят

2. Насколько это испортит его репутацию по шенгену?

3. Дадут ли шенген в др стране если он все же уедет в таком статусе?

     Формально — не испортит. В данном случае он не допускает нарушений правил нахождения в Шенгене. 

      При этом на практике получить следующую  визу государства Шенгена будет гораздо сложнее

В соответствии со  ст. 32 Визового кодекса  ЕС  в выдаче визы отказывают в случае если у консула

b)… имеются разумные сомнения по… поводу надежности сделанных ходатайствующим лицом заявлений или его намерения покинуть территорию государств-членов до истечения запрашиваемой визы.

подача заявления на ВНЖ в Испании как раз и говорит о том, что лицо претендующее на получение  визы не собирается  в дальнейшем, после окончания срока по выданной визе,  выезжать из Шенгена. 

        Все остальные  моменты могут быть детально разобраны в рамках отдельной полноценной услуги в чате( кнопочка рядом с фото юриста, доступна при входе на сайт через браузер)

С уважением Евгений Беляев