Купил бу телефон, проверил вставил симку проверил наличие связи и тд и продал его, спустя 3 месяца ко мне врывается полиция и говорит, что вы украли телефон, но от куда мне знать краденный или нет?

Здравствуйте, в силу положений ч. 2 ст. 14 УПК РФ: 

Подозреваемый или обвиняемый не обязан доказывать свою невиновность. Бремя доказывания обвинения и опровержения доводов, приводимых в защиту подозреваемого или обвиняемого, лежит на стороне обвинения.

То есть, вы не обязаны доказывать, что вы не крали телефон, задача доказать Вашу вину возлагается на правоохранительные органы. Исходя из изложенного, я полагаю, что доказать то, что вы виновный в совершении уголовного деяния, будет невозможно. Однако, если у Вас есть доказательства, что вы действовали правомерно (допустим переписки с продавцом телефона, чек о переводе денежных средств, если оплата не осуществлялась наличными денежными средствами, может быть договор купли-продажи  и т.д.) то вы можете их предъявить лицу, которое ведет расследование уголовного дела. 

Если будут производится следственные действия например допрос, то ссылайтесь на то, что телефон был куплен.