Что, если въезжать не по ВНЖ, а по миграционной карте с целью учёбы, как раньше?

Студент из Казахстана въезжал по миграционной карте на учёбу. Оформил ВНЖ осенью, но не получил постоянную регистрацию. На новый год выезжал в Казахстан. Если в ВНЖ нет прописки, могут возникнуть проблемы при въезде? Могут не пустить в РФ? Что, если въезжать не по ВНЖ, а по миграционной карте с целью учёбы, как раньше? Могут ли в этом случае проверить ВНЖ, обнаружить отсутствие регистрации и выдворить из страны?