Здравствуйте, хотел бы узнать если в военкомате выдают справку Б3 вместо военного билета, смогу ли я с ней поступить в университет?

Добрый вечер.

Да, Вы можете поступить в университет. 

Для целей поступления в вуз не играет никакой роли есть ли у Вас документы воинского учета и какие именно, поэтому выдача указанной Вами справки на поступление не повлияет.

Документы воинского учета приказом Минобрнауки России от 21.08.2020 N 1076 «Об утверждении Порядка приема на обучение по образовательным программам высшего образования — программам бакалавриата, программам специалитета, программам магистратуры» не называются в числе предоставляемых в вуз.

Поэтому Вы можете поступить в вуз и со справкой по форме Б3